در سال های اخیر، به ویژه بعد از شروع جنگ در سوریه، درگیری و کشمکش بین مذاهب در آذربایجان شدیدتر شده است.نمایندگان جریان سلفی از اوایل دهه ی 90 میلادی شروع به عزیمت به جمهوری آذربایجان نمودند و در حال حاضر در تمامی مناطق آذربایجان و حتی در باکو موجود هستند. اساساً در مناطق شمالی آذربایجان و نیز، در شهر سومقاییت بسیار فعال هستند و طرفداران آنان بیش تر به چشم می خورد. مرکز اصلی آنان در باکو مسجد «جمعه» (در بین مردم به مسجد «ابوبکر» مشهور می باشد) هست که در اراضی منطقه ی نریمانف واقع شده است.خوارج، تندروترین و افراطی ترین شاخه ی وهابی ها می باشد. آنان، شهر سومقاییت جمهوری آذربایجان را شهر مقدس خود اعلام کرده اند. در آذربایجان هر طریقت دینی که تحت پیگرد قانونی قرار می گیرد، اعضاء آن به سومقاییت نقل مکان می کنند و در این شهر سکنی می گزینند. شهر سومقاییت نه تنها برای خوارج جمهوری آذربایجان حتی برای خوارج داغستان و دیگر مناطق قفقاز، یکی از مراکز اصلی سکونت به شمار می رود. این جریان، همیشه طرفدار اعمال زور و خشونت هست و اکثر سلفی هایی که در افغانستان، چچن، پاکستان، سوریه و سایر مناطق در حال جنگ و درگیری هستند از بستگان و اعضاء این جریان به شمار می روند.
وهابی های آذربایجان اصرار دارند خود را سلفی و یا اهل سنّت نشان دهند و از شناخته شدن به عنوان وهابی اجتناب می کنند. برخلاف تصور عامه ی مردم آذربایجان که سلفی های این کشور را یک دست می دانند، آنان به دسته های گوناگونی مانند «اهل تکفیر و هجرت»، «خوارج» و… تقسیم می شوند.گروهی از سلفی های آذربایجان با نام «برادران جنگل» مشهور هستند که در مناطق شمالی و اطراف شهر گنجه ی این کشور به صورت مخفیانه در جنگل به سر می برند و هر از چندگاهی خبری از درگیری آنان با نیروهای امنیتی آذربایجان در رسانه های این کشور پخش می شود.در سال های اخیر، شروع جنگ در سوریه در به وجود آمدن درگیری و کشمکش بین مذاهب مختلف در آذربایجان و در بین مردم این کشور نقش داشته است. همانند برخی کشورهای دیگر، شهروندانی از جمهوری آذربایجان نیز در جنگ علیه حکومت بشار اسد در سوریه شرکت کرده اند که این موضوع تأثیر منفی بر روابط بین دینداران کشور گذاشته است و در میان آنان اختلاف ایجاد کرده است چرا که در خصوص مسئله ی جهاد در سوریه بین سلفی های معتدل و تندروی جمهوری آذربایجان اختلاف نظر وجود دارد. درگیری اخیر بین دو گروه سلفی آذربایجان در شهر سومقاییت نمونه ی بارز این اختلاف نظر می باشد.
