از آنجایی که ماهیت این ائتلاف چیز دیگری است و کشورهایی مثل عربستان به عنوان حامیِ اصلی تروریسم در آن عضویت دارند، جمهوری آذربایجان نگران خدشه‌دار شدن روابط خود با روسیه و ایران در صورت پیوستن به این ائتلاف می‌باشد.
به گزارش مرکز فرهنگی قفقاز، مطبوعات پاکستان در حالی از تمایل جمهوری آذربایجان برای عضویت در ائتلاف نظامی اسلام علیه ترور سخن به میان آورده‌اند که به نظر می‌رسد فقط یک مانور تبلیغاتی صرف و با هدف قرار دادن جمهوری آذربایجان در یک عمل انجام شده باشد.
واکنش وزارت خارجه آذربایجان نیز به این خبر محتاطانه بوده و ابراز داشته‌اند که در سیاست خارجی این کشور چنین اولویتی وجود ندارد. خبرهایی مبنی بر انتخاب راهیل شریف فرمانده ارتش پاکستان به عنوان فرماندهی کل این ائتلاف و حتی خبرهایی مبنی بر معادل ناتو بودن این سازمان در منطقه مخابره شده است.
پیشنهاد عضویت جمهوری آذربایجان در این ائتلاف یک سال پیش و از سوی وزیر خارجه عربستان، عادل الجبیر و در تماس تلفنی با ائلمار ممدیاراف مطرح شده بود. ولی دولت آذربایجان جواب مشخصی در این باره به کشورهای عضو ائتلاف نداده بود.
به نظر می‌رسد با تغییر موقعیت در سوریه، عراق و یمن به نفع ایران هم درماهیت ائتلاف شکل گرفته و هم تعداد اعضای موجود در این ائتلاف تغییراتی به وجود خواهد آمد که تحرکات کشورهایی هم چون عربستان و پاکستان، برای جلب نظر آذربایجان در این بستر قابل درک است.
این ائتلاف که تقریبا یک سال پیش و با هدف مبارزه با ترور در کشورهای اسلامی با پیشگامی عربستان در ریاض صورت گرفته و در بیانات محمد بن سلمان وزیر دفاع عربستان از حق شرکت تمامی کشورهای مسلمان بدون توجه به مذهب‌شان سخن به میان آمده بود، با تغییر اوضاع در منطقه، انتخاب ترامپ و احتمال افزایش فشار بر ایران ماهیتش دچار تغییر شده و احتمالا به یک بلوک سنی علیه جمهوری اسلامی ایران تبدیل خواهد شد.
در این میان دلایل طفره رفتن جمهوری آذربایجان از عضویت در این ائتلاف را به شرح ذیل می‌توان مورد بررسی قرار داد.
یکی از عوامل اصلی این مسئله، موضع گیری رسمی دولت روسیه در این مورد بوده است که به گفته ماریا زاخاروف هنوز از ماهیت عملکرد این ائتلاف مطلع نیستند. با توجه به نقش کلیدی روسیه در مناقشه قره باغ احتمالا حضور جمهوری آذربایجان در این ائتلاف که روسیه در ماهیت شکل گیری آن تردید دارد به ضرر آذربایجان در حل مناقشه باشد.
عامل دوم این است که جمهوری اسلامی ایران به عنوان یک کشور شیعی در همسایگی جمهوری آذربایجان به عنوان قدرت منطقه‌ای و رقیب سنتی رهبران این ائتلاف از جمله عربستان، پاکستان و ترکیه در منطقه می‌باشد که شاید عضویت در این ائتلاف روابط حسنه جمهوری اسلامی ایران و آذربایجان را خدشه دار کند. مخالفان منطقه‌ای جمهوری اسلامی ایران شاید با این عمل خود وارد فاز جدیدی از فعالیت‌های خود در منطقه شده‌اند که به نظر می‌رسد با تصمیم معقول مقامات رسمی آذربایجان مواجه گشته‌اند.
